אגף הכספים מופקד על ניהול, תכנון ובקרה של כלל הפעילות הכספית והתקציבית של האוניברסיטה. האגף פועל להבטחת ניהול תקין ואחראי של המשאבים, תוך עמידה בכלל הדרישות החוקיות והרגולטוריות.

במסגרת פעילותו, אחראי אגף הכספים על גיבוש התקציב השנתי, מעקב ובקרה תקציבית, הכנת דוחות כספיים, תשלומים לספקים ונותני שירותים, החזרי הוצאות למוטבים , דיווחים לרשויות המיסים ,ניהול תזרים המזומנים של האוניברסיטה, ניהול השקעות האוניברסיטה, טיפול במערך הביטוחים, חישובי ותשלומי השכר והנלווים לשכר.

בנוסף, אחריות על פעילות הרכש, המכרזים והלוגיסטיקה (באמצעות אגף רכש והתקשרויות, אשר הינו בכפיפות לסמנכ”לית הכספים).

פעילות האגף נועדה לתמוך בהשגת יעדיה האסטרטגיים של האוניברסיטה ולחזק את יציבותה הכלכלית לאורך זמן.

האגף ממוקם במגדל אשכול – קומות  2, 23, 24, 25.